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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出宽泛的生态学抗逆性，分为抗肺部肿瘤和身体毒的功效。一般而言，三萜是顺利通过甲羟戊酸途经合并的，并从大自然蕨类植物和真菌感染中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析整形论文。该分析发掘三萜类无机化合物虫草酸（GA）是完成液态致力于的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋海洋生物转换成行成的。利用转录组和蛋清质组学系统工艺进每一步深入研究无柄虫草菌丝体中DHT行成两种方式虫草酸（GA）的规则，并通过几组学系统工艺检侧到的对比分析遗传基因和对比分析蛋清，得出DHT 海洋海洋生物结合 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和系统等级分类

确认对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体开始转录组测序共取得67230个转录本和14297个单DNA。在这样单DNA中，498个被技术鉴定为差异性展示方法DNA（DEGs），里面213个展示方法上浮，279个展示方法再降（图1A）。GO丰度研究后，DEGs分海洋生物的具体步骤中中（BP）、体内部组分（CC）和氧分子特点（MF）3类。在BP品目中，出現了前这几个子品目：四环素分解掉分解新陈内部分解的具体步骤中中，乙酸盐分解新陈内部分解的具体步骤中中和甲酸盐分解新陈内部分解的具体步骤中中 ;而在CC品目中，体内部外区、突触复合型体、突触架构是前这几个亚类。而对于MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、腐蚀修复酶吸附性和酸氨（或酰胺）连入酶吸附性是前这几个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究中，前30条丰度度比较高的通道含有27条归属分解新陈内部分解，里面二氧化氮分解新陈内部分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解新陈内部分解、丙酸盐分解新陈内部分解卫星信号通道有明显丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和作用区分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体去血清质组学对其进行研究了解，总计有确立了16,457种奇特肽、2606种血清质和2588种一定量血清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰先决条件下，将在2606种血清质中，94种被技术鉴定为差距形容血清（DEPs），表中52种上涨，42种调低（图2A），图2C显视了差距形容血清的聚类研究了解对其进行研究了解热图。从GO对其进行研究了解对其进行概述，BP等级分类显视，通常数DEPs参于冰醋酸盐消化吸收转化环节、四环素对其进行工业制硝酸消化吸收转化环节和药对其进行工业制硝酸消化吸收转化环节。CC类DEPs在癌神经元外区、过被非金属空气氧化物酶体和微体中的配比为比较高，被空气氧化还原系统酶活力性氧和甲酸脱氢酶（NAD）活力性氧在MF类中DEPs的配比比较高（图2B）。与转录组统计数据一样，KEGG环路对其进行研究了解显视，许许多多DEPs在消化吸收转化中聚集，表中3条最聚集的渠道是光合微生物工程中的碳稳定、碳消化吸收转化和MAPK走势环路（图2D）。另外，根据对其进行研究了解GO统计比对库的CC对DEPs去亚癌神经元区域定位对其进行研究了解和注脚（图2E），DEPs注意分布范围在癌神经元质（40.66%）、癌神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs微生物工程获得的注意区域。

图2|淀粉酶质组的按量具体分析和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转换和差表组待选DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个性别差异抒发什么是什么是基因遗传（图3A）。对转录组和核脂肪酸组中E组和C组共要的DEGs/DEPs实现聚类算法具体剖析，发展mRNA和核脂肪酸当中有1五类调涨什么是什么是基因遗传和五类下降什么是什么是基因遗传，DEGs和她翻意的DEPs抒发水平面呈正各种有关的，对于Pearson的各种有关的公式具体剖析，在转录组和核脂肪酸组当中检验到相对而言较高的各种有关的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查最终现示，E组和C组17个DEGs的把你想表达出来方法的水平不同之处同质性，另外9个为调涨DEGs，二个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达出来方法动向与转录混合物析最终不一。

图3|蛋清质组的一定量研究和功能键校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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